刘庄即位后,一切遵奉光武制度。刘庄提倡儒学,注重刑名文法,为政苛察,总揽权柄,权不借下。他严令后妃之家不得封侯与政,对贵戚功臣也多方防范。他在位时,他的舅舅们都位不过九卿。馆陶公主想替他儿子求个郎官做,刘庄宁可送给外甥一千万钱,也不答应。大臣阎章才学出众,工作突出,但因妹妹是后宫嫔妃,刘庄为不破坏外戚不封侯参政的规矩,硬是不提拔阎章。
但同时,刘庄又委任开国元勋邓禹为太傅,同母弟东平王刘苍为骠骑将军,光武朝太尉赵憙保留原职,使宗室、功臣、官僚集团都有了自己的政治代表。同时对生母阴太后、异母郭圣通都非常尊重,平等对待,赢得了外戚和臣下的好评。
刘庄对下面的官员非常严厉,因为父亲光武帝施政时对大臣比较宽松,是由于他的威望高,而明帝是没有他父亲那样的威信的,靠他的威望驾驭自己父亲那些老臣,显然是不够的。所以他对于官员是很苛刻的,这在两汉诸帝中是不多见的。
内朝小吏误记了西域属国贡献的供品,亲自查帐发现失误的刘庄派人把犯错的尚书郎招来,并亲自手持木杖责打惩罚。直到尚书台长官闻讯来说情,请求皇帝惩罚自己管教失职之罪,刘庄才平息愤怒。虽然刘庄对臣下的态度过于严厉、督责过度苛刻,却有效地保证了纲纪整肃、吏治谨严,行政效率提高、中央地方政绩明显。
光武帝时,对同姓宗室王限制比较严格。自己的十个儿子虽然都封王,但封地都比较小,较之西汉的同姓王差得很多。而且在郡国内,没有任何实际的权力。明帝的同母弟刘荆是光武诸位皇子中比较有才能的一个,他给废太子刘疆写信,说他无罪被废,应该从自己的封地东海起兵,像汉高祖那样取天下、即皇位。刘疆接到书信后吓坏了,马上把信交给刘庄。刘庄没有追究此事。后来羌人和东汉作战,刘荆又四处活动。刘庄又让他去封地。去了封地,他问相士,我长得像先帝,先帝三十岁当皇帝,我如今也已三十,可以起兵吗?吓得相士赶快告诉郡国的官员,刘荆害怕,自投监狱。刘庄又没有追究。后来刘荆又使巫祭祀祝诅,被郡国的官吏报告,惶恐之下自杀。
光武帝与许美人所生的楚王刘英,在明帝当太子时就和明帝关系不错。刘英结交宾客,又在封国作金龟玉鹤,刻文字为符瑞,积极准备造反。被一个叫燕广的人告发,有司奏情要求诛杀他,刘庄不忍,只是把他罢免流放。后来刘英自杀。刘庄发现刘英结交士人官吏的名录,为此兴了大狱,株连了很多人。
郭皇后生的两个儿子刘康和刘延也在封国结交宾客,图谋不轨,但因为不像刘荆、刘英那么严重,所以只是被削减封地。
光武中兴后鉴于王莽篡位,所以对外戚还是有所限制,但同时他又利用外戚来防范宗室。在大司马吴汉死后,光武想让自己的小舅子阴兴接任大司马,因为大臣的反对才做罢,但死后仍然让自己的女婿梁松辅政。