朱儁的司马张超及徐璆、秦颉皆欲听之。朱儁不同意,他说:“出兵有形同而实异的地方。当初在秦末的时候,人民没有稳定的君主,所以以赏附来劝降。现在海内一统,只有黄巾造反,纳降他们不能使人向善,讨伐他们足以惩恶。现在如果接受他们的投降,那就滋长他们造反的意念,给他们有利就进战,不利就乞降的想法,这是纵敌长寇的策略,不是良计。”说完,下令急攻,但一连数日,都未能攻克。
朱儁登上土山,瞭望黄巾营垒,然后对张超说道::“我知道了!贼人的外围坚固,内营逼急,求降不得,想出也出来不得,所以他们殊死战斗。万人一心,尚且不可当,何况是十万呢!强攻的害处太大了。不如把包围撤除,集合部队进城。韩忠看见包围已经解除了,一定会自己出来,等他们出来,兵心就散了,这是易于攻破的方法啊。”
于是下令解围。韩忠见围解,果然引军出战,朱儁乘势进击,大破其军,追击十余里,斩杀。韩忠等人只好投降。秦颉杀死韩忠。黄巾余众不能自安,又以孙夏为帅,还驻宛城。朱儁进攻,孙夏败走,朱儁纵兵击杀数万。黄巾因此破散流离。
中平二年(公元185年)春天,朝廷任命朱儁为右车骑将军。朱儁率兵回京,被任命为光禄大夫,增加食邑五千户,改封钱塘侯,加位特进。后来因为母亲丧离职。服毕起家,任将作大匠,转任少府、太仆。
黄巾起义之后,各地农民纷纷起义。其中大声的就自称雷公,骑白马的就自称张白骑,行动轻便的就说是飞燕,胡须多的就号称于氐根,大眼的就说大目,如此多的称号,都各有原因。人多的聚众二三万,小的也有六七千人。其中,以常山人张燕势力最大,他轻勇矫捷,军中都号称是“飞燕”,他善得士卒的爱戴。据众百万,占据黑山,朝廷无法讨平。后来,他遣使至京师,投降了朝廷,被拜为平难中郎将,领河北诸山谷事。
后来,张燕渐渐率兵侵犯河内郡,进逼京师。朝廷任命朱儁为河内太守,率领家兵击退张燕。后来他们大多都被袁绍所讨平。此后,朱儁历任光禄大夫、屯骑校尉、城门校尉、河南尹。
中平六年(公元189年),董卓把持政权。因朱儁是功高望重的将领,董卓对他格外小心。外表与他亲近交结,内心则对他颇为忌惮。
初平元年(公元190年),关东州郡起兵讨伐董卓,推袁绍为盟主,兵锋甚为强盛。董卓感到恐惧,想请公卿们商议迁都长安,朱儁屡次阻止。董卓虽然厌恶朱儁和自己作对,但贪图他的高名,于是上表奏请朱儁为太仆,做自己的副手。
使者到朱儁府上后想要宣示诏命,朱儁坚决推辞,不肯接受,却乘机说:“国家西迁,必孤天下之望,以成山东之衅,臣不见其可也。”使者听了,很感奇怪,问他:“召您受任,您坚决拒绝;没问您迁都的事,您却说了半天,这是为什么呢?”